В 1940-х гг. Ж.Малори изучал полярную геоморфологию и разрушение скал в Гренландии, провёл там две одиночные зимовки. Во время третьей одиночной научной миссии на севере Гренландии, в Тюле, он достиг геомагнитного полюса Земли при помощи своего местного проводника и друга Кутсикитога.
Местные нарекли его «человеком, который разговаривает с камнями», а он навсегда проникся их родственным и уважительным отношением к природе. Образ жизни и верования коренных северян, живущих в теснейшей связи с окружающей их суровой и холодной природой, заставили его переосмыслить и изменить свое собственное отношение к миру, а также встать на защиту все более малочисленных и уязвимых в век глобализации северных коренных народов.
В течении следующих десятилетий Ж.Малори организовал более 30 экспедиций в Гренландию, арктические регионы Канады, Аляску и российскую Чукотку. Его Центр арктических исследований, существующий в рамках Высшей школы социальных наук (EHESS, Париж) стал ведущей организацией по междисциплинарному исследованию жизни, быта, природы и истории Арктики. Он стал партизаном неразрывности этнографических и географических исследований при изучении и освоении Арктических пространств.
В 1990 г. ученый осуществлял научное руководство российско-французской экспедицией на Чукотку. Эта экспедиция была не началом, а следствием долгого и плодотворного сотрудничества ученого с коллегами из Советского Союза.
Еще в 1950-х гг. Ж.Малори начал устанавливать связи с советскими учеными с тем, чтобы иметь возможность изучить на месте образ жизни коренных народов Русского Севера, северной Сибири. Долгое время это было невозможно — приходилось довольствоваться результатами исследований советских ученых, докладываемых в рамках конгрессов и коллоквиумов при участии иностранных специалистов.
И только в 1990 г. благодаря поддержке Д.С.Лихачева и С.А.Арутюнова была организована советско-французская экспедиция на Чукотку, где Ж.Малори совместно с 14 коллегами проводил социологические исследования местного населения, изучил знаменитую «Китовую аллею» — древнее святилище на острове Итыгран в Беринговом проливе, состоящее из вкопанных в землю китовых костей и черепов, а также выложенных в определенном порядке камней. Это загадочное место было найдено в 1976 г. экспедицией Института этнографии АН СССР, и до сих пор не ясно, в чем именно заключался его смысл, кто и зачем построил Аллею.
Во всех своих экспедициях Ж.Малори убеждался все больше, что малые народы Севера, инуиты, подвергаются большой опасности со стороны главенствующих культур — их «примитивные», «архаичные» методы ведения хозяйства воспринимаются, как недостаток, требующий исправления. Шаманизм и анимизм высмеиваются и искореняются. Современные жители Крайнего Севера теряют корни, вымирают, забывают свою историю, культуру, язык.
Остановить и повернуть вспять эти процессы — вот чего хотел добиться Ж.Малори. Ради этого он боролся за объявление автономии для северных народов в составе больших государств, ответственных за их сохранение, — Канады, России, США. Этим он руководствовался, предлагая открыть в Санкт-Петербурге Полярную академию — единственную образовательную организацию, созданную в целях подготовки кадров для управления северными территориями. Ее ученики — выходцы из коренных малых народов Сибири. В благодарность и признание его роли в создании Академии Ж.Малори был избран пожизненным почетным президентом Академии, а его родной язык — французский — изучается в качестве первого иностранного языка.
«Я не перестану выступать против глобализации. Культурный плюрализм — это условие прогресса человечества», утверждает профессор Малори, заявляя, что нет худшего расизма, чем расизм культурный.